Das „Rückgrat“ des IZKF Münster und zentrales Förderformat seit 1996 sind die IZKF-Forschungsprojekte, ein Äquivalent zum Förderformat „Sachbeihilfe“ der DFG. Ebenso zeichnen sich Forschungsprojekte durch eine hohe wissenschaftliche Qualität und ein innovatives Forschungsthema aus. Sie sollten sich an den vier Forschungsschwerpunkten des IZKF Münster "Vaskulare Erkrankungen", "Entzündung und Infektion", "Erkrankungen des Nervensystems" und "Zelldifferenzierung, Regeneration und Neoplasie" orientieren. Die Forschungsprojekte haben eine Laufzeit in der Regel von drei Jahren und werden mit bis zu 110.000 EURO pro Jahr finanziert.

Bei der Bewertung der Förderanträge wird besonderes Gewicht auf die konkreten Vorarbeiten (Publikationen) der Antragstellenden und die erfolgreiche Einwerbung qualifizierter Drittmittel gelegt. Im Antragsverfahren werden die neuen Projekte anhand der konkreten Themenzusammenstellung einem geeigneten Forschungsschwerpunkt zugeordnet. Da viele Forschungsthemen zwei unterschiedlichen Schwerpunkten zugeordnet werden können, fördert dies die Vernetzung zwischen den Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern der jeweiligen Einrichtungen.