Gelegentlich zeigt sich bei Nephronophthise-Patienten auch eine Leberbeteiligung im Sinne einer Leberfibrose (Vernarbung der Leber). Klinisch fällt zunächst eine Vergrößerung der Leber (Hepatomegalie) und der Milz (Splenomegalie) auf.  Im Blut zeigt sich ein Anstieg der Leberwerte (Transaminasen). Durch die Vernarbung der Leber wird  der Blutfluss durch die Lebergefäße zunehmend gestört, so dass es zur Ausbildung von Umgehungskreisläufen kommen kann. Als Folge der vergrößerten Milz kann es außerdem zum vermehrten Abbau von roten und weißen Blutzellen sowie von Blutplättchen kommen.