Die Vererbung der Nephronophthise erfolgt autosomal rezessiv. Das bedeutet, dass die Erkrankung nur dann in Erscheinung tritt, wenn sich auf jeweils beiden Chromosomen eine krankmachende/pathogene Veränderung in einem NPHP- Gen findet (in der Abbildung rot dargestellt). Diese Situation entsteht, indem der betroffene Patient eine krankmachende Genveränderung von seiner Mutter und eine von seinem Vater erbt. Die Eltern sind dabei nicht erkrankt, da sie nur eine krankmachende (rote) Genveränderung tragen. Die Erkrankung tritt also nicht in jeder Generation auf. Das Risiko die krankhafte Genveränderung an eigene Kinder weiter zu vererben, liegt für betroffene Patienten zwar bei 100%. Damit das Kind erkrankt, muss jedoch auch der Partner ein krankhaftes NPHP-Gen vererben. Die Wahrscheinlichkeit hierfür ist bei einem gesunden Partner sehr gering. Das Risiko, für ein gesundes Paar mit einem an Nephronophthise erkrankten Kind ein weiteres Kind mit Nephronophthise zu bekommen, liegt bei 25%. In diesem Fall sollte auf jeden Fall eine genetische Beratung erfolgen.