Analyse von STARR-seq-Daten (Kooperation mit Institut für Molekulare Tumorbiologie)

Das STARR-seq-Verfahren (self-transcribing active regulatory region sequencing) ist eine 2013 entwickelte Labortechnik, die es erlaubt in großem Maßstab Bereiche nicht-kodierender DNA, die als Enhancer wirken, zu identifizieren und zu quantifizieren. Da es noch kein etabliertes Standardverfahren zur Analyse von STARR-seq-Daten gibt, ist dazu eine individuelle Analyse einzelnen Datensätze mit besonderem Augenmerk auf die Plausibilität des Vorgehens sowie die Entwicklung umfangreicherer Algorithmen notwendig.

In Kooperation mit dem Institut für Molekulare Tumorbiologie der Universität Münster beschäftigen wir uns mit einzelnen STARR-seq-Datensätzen, sowie mit der generellen Struktur und Analysetechniken ebensolcher Daten. Auch Auswertungsmöglichkeiten in Zusammenhang mit Chip-seq-Daten sind dabei für uns von Interesse.

Kontakt: Annika Bürger M. Sc.