Analyse von 4C-seq-Daten (Kooperation mit Institut für Molekulare Tumorbiologie)

Das 4C-seq-Verfahren (Circular chromosome conformation capture combined with high-throughput sequencing) ist eine aktuelle Labortechnik, die dazu dient, chromosomale Interaktionen zwischen einem festgelegten Interaktionspartner und beliebigen weiteren Chromosom-Abschnitten zu identifizieren. Da 4C-seq-Daten komplex sind und die Auswertung durch biologische und technische Artefakte erschwert wird, muss besondere Rücksicht auf die Eigenschaften der Daten genommen werden, um verlässliche Resultate zu erzielen.

In Kooperation mit dem Institut für Molekulare Tumorbiologie der Universität Münster beschäftigen wir uns mit 4C-seq-Datensätzen und testen verfügbare Algorithmen in Bezug auf ihre Leistungsfähigkeit für verschiedene Interaktionsstrukturen. Auch Verbesserungen von Darstellungen der Ergebnisse oder über die reine Interaktionsbestimmung hinausgehende Zusatz-Analysen sind für uns von Interesse.

Kontakt: Dipl.-Math. / Dipl.-Inf. Carolin Walter