Die Münsteraner Anatomie verfügt über eine umfangreiche Anatomische Sammlung. Die Exponate sind thematisch nach den Gebieten allgemeine und spezielle Embryologie, Anatomie der Organsysteme sowie topographische und angewandte Anatomie gegliedert.

Da das Anatomische Institut im 2. Weltkrieg zweimal ausgebombt wurde, sind nur noch relativ wenige historische Präparate vorhanden. Dabei handelt es sich um Wachspräparate aus der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts von Tramond, Paris, sowie um His-Ziegler Modelle zur Entwicklungsgeschichte und die von Wilhelm His (1831 - 1904) mit Hilfe des Gipsmodelleurs Franz Steger angefertigten Gipsmodelle zur topographischen Anatomie. Über die frühen Sammlungsbestände liegt vom damaligen Direktor der Medizinisch-Chirurgischen Lehranstalt, Carl Wilhelm Wutzer (1792 - 1863), eine Monographie mit dem Titel vor: "Bericht über den Zustand der anatomischen Anstalt zu Münster im Jahre 1830 nebst einer Beschreibung der bei derselben vorhandenen Sammlung von Präparaten" (Münster 1830). Die alte Sammlung enthielt selbst pathologische und physiologische Präparate, die z.B. durch Schenkung der Erben des Duisburger Professors der Medizin Daniel Erhard Guenther (1752 - 1834) in ihren Bestand gekommen waren.

Die meisten Exponate sind nach dem Neubau des Instituts unter der Leitung von Prof. Dr. Dr. Hellmut Becher bzw. in den späteren Jahren durch die Mitwirkung von Prof. Dr. Dietrich Eichner entstanden. Dabei wurde das ganze Spektrum an Präparationstechniken eingesetzt, so dass die Präparate nicht allein Ausdruck handwerklicher Kunst, sondern zugleich Zeugnis von der Entwicklung der Präpariertechnik sind. Unter den Präparaten befinden sich vereinzelt auch solche, die als Vorlage für Abbildungen im Anatomieatlas Sobotta-Becher dienten oder die wegen ihrer Seltenheit, z.B. ein Situs inversus totalis, von allgemeinem Interesse sind. Wegen der großen Bedeutung heutiger bildgebender Verfahren im Rahmen der medizinischen Diagnostik ist in der Sammlung auch besonderes Gewicht auf eine Querschnittsanatomie gelegt, in der Transversalschnitte durch den ganzen Körper mit ihrer oberen und unteren Schnittebene gezeigt werden.

Die Anatomische Sammlung war lange Jahre in einem Raum über den ehemaligen Präpariersälen im Ostflügel untergebracht und öffnete nur selten ihre Türen. Seit einigen Jahren bemüht sich die Prosektur Anatomie mit tatkräftiger Unterstützung durch das Dekanat um eine zeitgemäße, besser auf die vielfältigen Belange des anatomischen Unterrichts abgestimmte Präsentation der zahlreichen Exponate. Ziel dieses langfristigen Projekts ist aber auch die Öffnung der Anatomischen Sammlung für einen breiteren Interessentenkreis.

Die baulichen Möglichkeiten des neuen PAN-Zentrums gestatten den Studierenden erstmals, auf ein und derselben Ebene einerseits eigene Präparationen durchzuführen, andererseits instruktive Exponate der Sammlung zu studieren. Eine weitere Besonderheit der Münsterschen Sammlung wird darin bestehen, dass sie - nach endgültiger Fertigstellung des PAN-Zentrums - anatomische Exponate im Zusammenhang mit Exponaten aus dem Institut für Pathologie präsentieren kann. Auf diese Weise wird der Brückenschlag der Studierenden zwischen „Vorklinik“ und „Klinik“ schon in frühen Semestern wirkungsvoll unterstützt.

Für die Überarbeitung und Wiedereröffnung der Anatomischen Sammlung stellte MedAlum Münster bereits 2012 Spendengelder zur Verfügung, die jetzt unter anderem dazu verwendet werden, ausgewählte Objekte der Sammlung neu zu beschriften bzw. für das Eigenstudium zu fotografieren und zu annotieren. Ein anderer Teil des Geldes wird für Chemikalien ausgegeben, die für die ständige Pflege der Sammlung unentbehrlich sind.