Der Male Fertility Gene Atlas wird derzeit überarbeitet

Zur Zeit wird die Seite für den Male Fertility Gene Atlas (MFGA) umgebaut und erweitert. Wer auch in der Zwischenzeit Zugang zu den Datenbanken oder weitere Informationen benötigt, kann sich gerne an Verena Dietrich aus dem Institut für Medizinische Informatik wenden.

Male Fertility Gene Atlas - MFGA

Der Male Fertility Gene Atlas (MFGA) ist eine öffentliche Plattform, die einen schnellen, einfachen Zugang von OMICs-Daten zu männlicher Infertilität und Keimzellen bereitstellt. Er wird im Kontext der DFG-geförderten Klinischen Forschungsgruppe Male Germ Cells: from Genes to Function (CRU326) durch ein interdisziplinäres Team aus Medizinern, Biologen und Informatikern entwickelt. Die Ziele des MFGA sind:

  • Forschende in die Lage zu versetzen, ihre OMICs-Daten im Kontext der bereits publizierten relevanten Datensätze zu interpretieren und
  • durch die Bereitstellung aggregierter Daten für Meta-Analysen dabei zu helfen, den Anteil der ungeklärten Fälle von männlicher Infertilität zu reduzieren.
Abbildung 1: Beispielhaftes Ergebnis einer MFGA-Suche nach Datensätzen zu Exomen von Patienten mit Azoospermie, nicht-obstruktiver Azoospermie, oder obstruktiver Azoospermie.

Alle Daten zur (Epi-)Genetik der männlichen Infertilität, die im MFGA enthalten sind, wurden manuell kuratiert. Die Datensätze sind mit Metadaten zu Publikation, Datenursprung, Typ der Analyse, verwendeten Geweben und Zelllinien, Versuchsbedingungen, Spezies der Versuchsobjekte und wichtigen Gennamen verknüpft.

Außerdem werden verknüpfte Abbildungen und dynamische Datentabellen gespeichert, die direkt gefiltert, sortiert und verwendet werden können. Diese strukturierten Annotationen ermöglichen das Speichern in einer MySQL-Datenbank sowie sehr spezifische Filteroptionen zum Zugriff auf und zur Aggregation von Informationen.