Für unsere Patienten
 

Wir untersuchen jedes Jahr Gewebeproben von etwa 5000 Patientinnen und Patienten. Es handelt sich dabei nicht nur um Tumoren, sondern unter anderem auch um entzündliche oder degenerative Prozesse. Falls eine Gewebeprobe von Ihnen am Institut für Neuropathologie untersucht wurde und Sie diese selber einmal am Mikroskop sehen möchten, zeigt sie Ihnen der Institutsdirektor gerne (kostenlos). Bitte vereinbaren Sie dazu einen Termin unter werner.paulus@uni-muenster.de oder telefonisch unter 0251-83-56967.
 

Für einsendende Ärzte und Kliniken
 

Probenannahme: montags bis freitags 8:00 – 17:00 Uhr
Tel.: 0251-83-50444 oder 0251-83-56967; Fax: 0251-83-56971

Muskel- und Darmdiagnostik
Für die Muskel- und Darmdiagnostik wird natives (unfixiertes) Gewebe benötigt (bei Muskel ca. 2 x 1 x 1 cm großes Biopsat); natives Gewebe sollte innerhalb weniger Stunden in einer feuchten Kammer (aber nicht in einer Flüssigkeit schwimmend) und ggf. mit normalem Eis (kein Trockeneis) gekühlt (aber nicht gefroren) übersandt werden und bis spätestens 15:00 Uhr (Montag bis Freitag) bei uns eintreffen. Für eine vorherige telefonische Anmeldung (0251-83-50444) sind wir dankbar.

Nervendiagnostik
Nervenbiopsien sollten idealerweise ebenfalls nativ und ggf. gekühlt innerhalb weniger Stunden bei uns eintreffen. Falls dies nicht möglich ist, sollte der Nerv zur Hälfte in Formalin, zur anderen Hälfte in Glutaraldehyd (2.5%ig in Cacodylatpuffer) fixiert werden. Die Fixierung in Glutaraldehyd ist unerlässlich, da nur so eine adäquate Beurteilung und elektronenmikroskopische Untersuchungen möglich sind.

Liquordiagnostik
Nativer Liquor muß für die zytologische Untersuchung innerhalb einer Stunde nach der Punktion im Institut verarbeitet werden. Bitte verwenden Sie hierfür sterile Röhrchen. In Ausnahmefällen ist es bei bestimmten Fragestellungen (z.B. Meningeosis carcinomatosa) möglich, den Liquor 1:1 mit gepuffertem Formalin versetzt per Post zu verschicken.

Tumordiagnostik
Für Tumorproben ist natives Gewebe wünschenswert, aber nicht notwendig; bei auswärtigen Zusendungen ist hier der Postversand in Plastikgefäßen mit reichlich gepuffertem Formalin der übliche Weg. Für Schnellschnitte ist aber grundsätzlich natives Gewebe erforderlich.

Molekulare Neuropathologie
In unserem Labor werden die folgenden molekular-neuropathologischen Untersuchungen routinemäßig durchgeführt:

Next-Generation Sequencing (NGS)

NGS Custom Panel

Zur parallelen Untersuchung relevanter Mutationen und Genfusionen aus Tumorgewebe führen wir eine NGS Panel Diagnostik durch. Hierfür werden kodierende Abschnitte bestimmter Zielgene (bzw. Introns für die Fusionsanalyse) mittels Hybdrid-Capture Technologie angereichert.

• ALK (Intron 17-19)
• ROS1 (ROS1 Intron 30-35, CD74 Intron 4-6)
• EGFR (Intron 7,17,24-26)
• EWSR1 (Intron 8-14)
• FGFR1 (Intron 8-14)
• FGFR2 (Intron 15-17)
• FGFR3 (Intron 17-18)
• MET (Intron 13-14)
• NTRK1 (Intron 3,7-12)
• NTRK2 (Intron 15)
• NTRK3-ETV6 (ETV6 Intron 4-5)
• RELA (Intron 1-2)
• RET (Intron 7-11)
• ROS1 (Intron 30-35)

Whole-Exome Sequencing (WES)

Zusätzlich führen wir eine Whole-Exome Diagnostik durch (Hybdrid-Capture Technologie mit Twist Exome 2.0). Bei der Auswertung werden folgende Gene analysiert. Auf Anfrage können nachträglich auch weitere Genabschnitte untersucht werden.

Gliome und glioneuronale Tumoren: ACVR1, AKT1, AKT3, ALK, ATRX, BCOR, BCORL1, BEND2, BRAF, CCND1, CCND2, CCND3, CDK4, CDK6, CDKN2A/B, CDKN2C, CIC, EGFR, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FUBP1, H3F3A, HIST1H3B, HIST1H3C, IDH1, IDH2, KBTBD4, KRAS, LZTR1, MAP2K1, MDM2, MDM4, MET, MLH1, MN1, MSH2, MSH6, MTOR, MYB, MYBL1, MYC, MYCN, NF1, NF2, NIPBL, NOTCH1, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, PIK3R1, PMS2, PPM1D, PRKCA, PTPN11, RAF1, RB1, RELA, ROS1, SETD2, SMARCA4, STAG2, TERT, TCF12, TSC1, TSC2, TP53, YAP1, ZBTB20, ZFTA

Medulloblastome und andere embryonale ZNS-Tumoren: APC, BCOR, BCORL1, BEND2, BRCA2, CDK6, CIC, CREBBP, CTNNB1, DDX31, DDX3X, DICER1, DROSHA, FOXR2, GFI1, GFI1B, GLI1, GLI2, IDH1, KBTBD4, KDM6A, KMT2D, MN1, MYC, MYCN, OTX2, PALB2, PRDM6, PRKAR1A, PTCH1, PTEN, RB1, SMARCA4, SMARCB1, SMO, SNCAIP, SUFU, TERT, TP53, TTYH1

Meningeome, Nervenscheidentumore und andere extra-axiale Tumoren: AKT1, ARID1A, BAP1, CDKN2A, DICER1, EED, EWSR1, FUS, KLF4, LZTR1, NF1, NF2, PIK3CA, PIK3R1, POLR2A, PRKAR1A, SMARCB1, SMARCE1, SMO, STAT6, SUFU, SUZ12, TERT, TRAF7

Fett markierte Gene werden nur hinsichtlich Kopienzahlveränderungen / Rearrangements untersucht.

Sanger Sequencing

Folgende Gene können zusätzlich via Sanger-Sequenzierung untersucht werden:

• IDH1/2 Hotspot-Mutationen (jew. Exon 4)
• BRAF V600-Status (Exon 15)
• EGFR (Exon 18-21)
• KRAS G12-Status (Exon 2)
• Histon H3 K27-/G34-Status (H3F3A Exon 2, H3F3B Exon 2, HIST1H3B Exon 1)
• FGFR1 (Exon 12, 14)

MGMT Promotor Methylierung (MS-PCR)

Der Methylierungsstatus der 5'-Region des O-6-Methylguanin-DNA-Methyltransferase-Gens (MGMT) ist ein prädiktiver Marker bei malignen Gliomen. Zur Bestimmung wird bisulfitkonvertierte DNA mittels methylierungsspezifischer PCR analysiert (Beier et al. Cancer Res. 2008;68:5706-15).

850K Methylomanalyse

Zur molekularen Klassifikation von Tumoren kann die DNA-Methylierung an > 850,000 Stellen im Genom mittels Infinium Methylation EPIC BeadChip (Illumina) untersucht werden. Die Methylierungsdaten einer Tumorprobe werden mit einer großen Referenzbibliothek von Tumoren abgeglichen (Brain Tumor Classifier und Sarcoma Classifier, www.molecularneuropathology.org).

Zusätzlich kann mit der Methode ein genomweites Kopienzahlprofil (CNV-Profil) erstellt werden. Hiermit können unter anderem folgende genetische Alterationen detektiert werden:

• 1p/19q Ko-Deletion
• CDKN2A/B Deletion
• EGFR-Amplifikation
• MYC-Amplifikation
• MYCN-Amplifikation
• GLI-Amplifikation
• HER2-Amplfikation

Zum Teil lassen sich mit der Methode bereits Hinweise auf strukturelle Alterationen finden (KIAA1549::BRAF-, ZFTA::RELA, NTRK1/2/3- oder FGFR1/2/3-Fusionen).

Außerdem kann mit dieser Methode der Methylierungsstatus des MGMT-Promotors bestimmt werden.

Klonalitätsanalyse

Für die Diagnostik von Lymphomen werden folgende Untersuchungen zum Nachweis einer Klonalität durchgeführt.

• Klonalität des Immunglobulin-Schwerketten-Lokus (IgH) (Biomed-2-IgH-Primermixe)
• Klonalität des T-Zell-Rezeptorgens (TCRG) (IdentiClone T Cell Receptor Gamma Gene Rearrangement Assay 2.0, Invivoscribe)

Erregerdiagnostik

Metagenomics

Zur molekularen Identifikation von Erregern führen wir eine Metagenom-Sequenzierung mittels Oxford Nanopore durch. Zum Nachweis von Bakterien werden hierfür mehrere Abschnitte des 16S-Gens mittels PCR amplifiziert.

TBC Nachweis

Zum gezielten Nachweis von Mycobacterium tuberculosis führen wir eine Sanger-Sequenzierung des IS6110 Gens durch.

Konsiliarische Diagnostik
In einzelnen Fällen wird vom Institut für Neuropathologie selbständig ein Konsil von einem Referenzzentrum oder von einem anderen anerkannten Experten erbeten. Der Einsender wird im Begutachtungsbericht über die Konsilanforderung und das ausgewählte Referenzzentrum informiert. Sofern Einsender oder Patient der Konsilanforderung nicht widersprechen, stimmen sie der Daten- und Gewebeweitergabe an das Referenzzentrum zu.
Das Institut für Neuropathologie ist selbst umfangreich konsiliardiagnostisch und im Rahmen von Therapiestudien referenzpathologisch tätig. Der Leiter des Instituts ist assoziiertes Mitglied des Hirntumor-Referenzzentrums.

Einsendeformulare

Download des Einsendeformulars für externe Einsender (PDF 16 KB)

Download des Einsendeformulars 'molekularneuropathologische Begutachtung' für externe Einsender (PDF 820 KB)

UKM-interne Anforderungen bitte über das UKM interne Kliniksystem (Orbis)

Kontakt
Bitte rufen Sie uns an, wenn Sie irgendwelche Fragen haben:
Tel.: 0251-83-50444 oder 0251-83-56967
Fax: 0251-83-56971

Postadresse
Institut für Neuropathologie
Pottkamp 2
48149 Münster