Unser interdisziplinäres Team erforscht nicht nur neue Methoden der medizinischen Bildverarbeitung, sondern macht, ganz im Sinne der translationalen Ausrichtung des Instituts, vor allem die neuesten wissenschaftlichen Erkenntnisse auch klinisch nutzbar. Daneben haben wir uns der besseren Reproduzierbarkeit und dem einfacheren Austausch der Forschungsergebnisse auf diesem Gebiet verschrieben. Unsere aktuellen Forschungsschwerpunkte sind

     

  • Diffusionsgewichtete Magnetresonanztomographie

  • Reliabilität und Reproduzierbarkeit

    Die Reproduzierbarkeit von Forschungsergebnissen ist ein essentieller Schritt zur Verbesserung der Qualität der modernen Forschung. Als Wissenschaftler teilen wir unsere Daten, Materialien und Methoden durch jeden wissenschaftlichen Artikel den wir publizieren.Die Reproduzierbarkeit und somit auch die Nachvollziehbarkeit von Forschungsergebnisse zu gewährleisten ist nicht trivial. Die Vielzahl von verschiedenen Softwarepaketen, welche wiederum unterschiedlichste Systemumgebungen erfordern, macht die reine Weitergabe der verwendeten Software schwer. Erschwerend kommt hinzu, dass sich Ergebnisse auch schon durch das Verwenden von Bibliotheken, in anderen Versionen, zum Teil nicht mehr reproduzieren lassen. Durch die Einführung von Containern zur Kapselung der Ausführungsumgebung für Software wurde eine Möglichkeit geschaffen, die gesamte Ausführungsumgebung inklusive der verwendeten Software zu Bündeln. Dies garantiert eine vollständige Reproduzierbarkeit der berechneten Ergebnisse, da die Ausführung eines Container, bei gleich Eingabedaten, immer die selben Ergebnisse liefert.
    In unserer Arbeitsgruppe werden all unsere Forschungsergebnisse in Docker-Containern berechnet. Zusätzlich haben wir eine Pipeline-Definition entwickelt, um mit Hilfe von Docker ganze Auswertungsabläufe (Pipelines) durch Container abzubilden.

  • Automatisierte Datenverarbeitung

    Das Verwalten und automatische Verarbeiten großer Mengen von Bilddaten ist nicht trivial. Für diese Aufgabe haben wir in unserer Arbeitsgruppe das Neuroimage Processing System (NPS) entwickelt. Es ist ein modulares System, welches auf Docker-Swarm zum Clustern von verteilten Rechenknoten aufsetzt. In diesem System wird jedes verwendete Modul in einem Docker-Container ausgeführt, um Reliabilität, Reproduzierbarkeit sowie Modularität zu gewährleisten. Zur Zeit besteht das System aus 33 verteilten Knoten mit insgesamt 144 Rechenkernen und über 300GB Arbeitsspeicher. Es wird für die Verarbeitung der täglich eingehenden MRT-Aufnahmen sowie für die Auswertung und Gewinnung von Forschungsergebnissen verwendet.

  • Visualisierung

  • Weitere Informationen und Beispiele finden Sie hier.

ausgewählte Publikationen

Schiffler P, Tenberge J, Wiendl H, Meuth SG. Cortex Parcellation Associated Whole White Matter Parcellation in Individual Subjects.Front Hum Neurosci. 2017 Jul 6;11:352.

Krämer J, Tenberge J-G, Kleiter I, Gaissmaier W, Ruck T, Heesen C, Meuth SG. Is the risk of progressive multifocal leukoencephalopathy the real reason for natalizumab discontinuation in patients with multiple sclerosis?  PLoS ONE 2017  2017 Apr 13;12(4):e0174858.

Deppe M, Tabelow K, Krämer J, Tenberge J, Schiffler P, Bittner S, Schwindt W, Zipp F, Wiendl H, Meuth SG. Evidence for early, non-lesional cerebellar damage in patients with multiple sclerosis: DTI measures correlate with disability, atrophy, and disease duration  Multiple Sclerosis 2016 Jan;22(1):73-84.

Deppe M, Krämer J, Tenberge J, Marinell J, Schwindt W, Deppe K, Groppa S, Wiendl H, Meuth S. Early silent microstructural degeneration and atrophy of the thalamocortical network in multiple sclerosis. Hum Brain Mapp. 2016 May;37(5):1866-79.
 
Teuber A, Tenberge J, Kugel H, Deppe M, Berger K, Wersching H. Volume transition analysis: A new approach to resolve reclassification of brain tissue in repeated MRI scans. J Neurosci Methods. 2015 Mar 30;243:78-83.
 
Die vollständige Literaturliste von Dr. rer. medic. Patrick Schiffler bei Pubmed.

Promotionen

Für AbsolventInnen naturwissenschaftlicher Studiengänge mit Bezug zur Medizin (Informatik, Physik, Mathematik, etc.) besteht in unserer Arbeitsgruppe die Möglichkeit zur Promotion zum Dr. rer. medic. an der medizinischen Fakultät. Die Promotionsdauer beträgt in der Regel drei Jahre, eine Anstellung als wissenschaftlicher Mitarbeiter in dieser Zeit ist möglich. Weitere Informationen zum Dr. rer. medic. finden. Sie auf den Seiten des Promotionsbüros. Bei Interesse wenden Sie sich an Patrick Schiffler. StudentInnen der Medizin mit Interesse an bildgebenden Verfahren können ihre Dissertation ebenfalls bei uns erarbeiten. Weitere Informationen erhalten Sie bei Dr. med. Julia Krämer.