Seminar Biomedizinische Informatik

Praxisorientierte Programmierung für Kliniker und Biologen

Wahlfach: Wahlfach für die Zulassung zum 2. Abschnitt der Ärztlichen Prüfung
Bereich: Medizinische Informatik
Beginn: 21. Oktober (wöchentlich)
Geschätzter Aufwand: 90 Minuten Kurs + 30-60 Minuten zu Hause
Plätze: max 10
Organisation: Learnweb
Räumlichkeiten: Zoom (Link wird über das Learnweb bekanntgegeben)

Details:

Zeitlicher Umfang:

⦁    Kurs: Mittwochs von 16:00 (c.t.) bis 18:00 Uhr

  • Besprechung der Übungsaufgaben
  • Neue Inhalte
  • Präsenzaufgaben zu den neuen Inhalten


⦁    Übungsaufgaben:

  • Basic-Aufgaben (Bearbeitungsaufwand 30-60 Minuten):
  • Wiederholung des erlernten Wissens
  • Erweiterte Aufgaben: Transfer des erlernten Wissens bei (geringfügig) schwierigeren Fragestellungen


Benoteter Leistungsnachweis

Termine:

⦁    21. Oktober:       1. R basics (1)
⦁    28. Oktober:        2. R basics (2)
⦁    04. November:     3. Daten prozessieren (1)
⦁    11. November:      4. Daten prozessieren (2)
⦁    18. November:      5. Visualisierung – Standardplots
⦁    25. November:      6. Visualisierung – Spezielle Plots
⦁    02. Dezember:      7. Visualisierung – Low-level Plots
⦁    09. Dezember:      8. Visualisierung – Zusammengesetzte Plots
⦁    16. Dezember:      9. Excel → R → Excel
⦁    13. Januar:           10. Gene und Proteine
⦁    20. Januar:           11. Genomische Daten in R
⦁    27. Januar:           12. Annotation von genomischen Daten
⦁    03. Februar:          13. Sequenzierungsdaten auswerten
⦁    10. Februar:          14. Shiny


Beschreibung:

Grundlegende Programmierkenntnisse sind im Alltag eines Studierenden, aber auch in dem eines Klinikers oder Biologen von großem Nutzen. Dabei ist sowohl die Zeitersparnis, als auch die Vermeidung von Flüchtigkeitsfehlern von Bedeutung.

Ziel dieses Kurses ist es daher, grundlegende Programmierkenntnisse für den alltäglichen Gebrauch zu vermitteln. Die Teilnehmer sollen am Ende des Kurses in der Lage sein, alltägliche Arbeiten zu identifizieren, die sich durch Programmierung vereinfachen und beschleunigen lassen. Weiterhin sollen Teilnehmer in der Lage sein, diese Programmierung selbst durchzuführen.

Programmierkenntnisse werden in diesem Kurs am Beispiel der Programmiersprache R vermittelt. Im Fokus steht jedoch stets die praktische Anwendung. Beispiele aus dem (bioinformatischen) Alltag, sowie Beispieldatensätze sollen den Transfer des erlernten Wissens auf ähnliche Aufgabenstellungen aus dem eigenen Alltag erleichtern. Das Prozessieren von Daten, sowie die Visualisierung von Ergebnissen für publikationsreife Abbildungen nehmen einen Großteil der Kursinhalte ein. Dazu gehört auch das Zusammenspiel von R und Excel (Import, Export, automatische Formatierung etc). Weiterhin werden praktische Funktionen für typische biologische und bioinformatische Fragestellungen behandelt (Wie lautet die Aminosäuresequenz eines Proteins? Welchen Effekt hat eine Mutation? Gutartig oder bösartig? Sind die Sequenzierungsdaten von ausreichender Qualität oder muss ein Experiment wiederholt werden?). Abschließend geben wir einen kurzen Einblick in die Welt der Gestaltung von Webseiten mit R Shiny.

Der Kurs richtet sich primär an Medizinstudierende. Wir freuen uns jedoch auch über interessierte Kliniker, Biologen etc.

Bei Interesse: Bitte bis zum 11. Okboter 2020 eine Email an Dr. Sarah Sandmann-Varghese.

Hinweise:

Für den Kurs steht für jeden Teilnehmer ein Rechner zur Verfügung. Das Mitbringen eines eigenen Laptops wird jedoch – im Hinblick auf die zu bearbeitenden Übungsaufgaben – empfohlen.

Eine regelmäßige Teilnahme wird erwartet, da die einzelnen Kurseinheiten aufeinander aufbauen.