Chromatin Immunoprecipitation mit Sequencing (ChIP-seq) ist eine biologische Methode zur Analyse von Protein- und DNA-Interaktionen. Aus Sicht eines Bioinformatikers besteht die Herausforderung der Analyse darin, ein möglicherweise sehr schwaches Signal aus einem Hintergrundrauschen auszufiltern. Für die Analyse von ChIP-seq-Daten stehen sowohl verschiedene Algorithmen als auch unterschiedliche Normalisierungsmethoden und zusätzliche weiterführende Analysetechniken zur Verfügung, doch die jeweils besten Optionen zu wählen ist normalerweise keine triviale Aufgabe.

In Kooperation mit dem Institut für Molekulare Tumorbiologie der Universität Münster haben wir eine Reihe von ChIP-seq-Experimenten ausgewertet. Gerade die Kombination von ChIP-seq-Analysen und ergänzenden Genexpressionsdaten ist hier von speziellem Interesse.

Kontakt: Dr. Carolin Walter