Standardisierbare Experimente werden im Service durchgeführt. Bei weiterführenden Untersuchungen wie der Bestimmung posttranslationaler Modifikationen kann die MS oft unschätzbare Dienste leisten:
Struktur- und Sequenzanalyse
unbekannte Proteine
post-translationale Modifikationen
nicht-kovalente Komplexe
Isoformen
MolekulargewichtsbestimmungenDas Messproblem muss in der Regel zunächst definiert werden. Daher wird Rücksprache empfohlen. Generell müssen die Proben vollständig entsalzt werden. Geeignete Lösungsmittel sind: Methanol,Wasser, Acetonitril, Ameisen/Essigsäure, ggf. Chloroform, Hexafluoroisopropanol o.ä.Proteine können bis 200 kDa mit MALDI-MS bestimmt werden. Bis ca. 70 kDa kann je nach Proteinreinheit eine Elektrospraybestimmung möglich sein, die genauere Massen liefert.Identifizierung PAGE-getrennter ProteineDie Analyse erfolgt durch enzymatischen (meist tryptischen) Verdau des Proteins im Gel, Extraktion und Reinigung der Peptide und MALDI-MS. Die Molekularmassen der Peptide werden dann mit einem in silico -Verdau von Proteinen in Datenbanken (NCBI, SwissProt, spezielle Datenbanken) abgeglichen.Probenvorbereitung
frische Coomassie-gefärbte Spots (Neuhoff et al., Electrophoresis 1985, 6, 427-448)
