Standardisierbare Experimente werden im Service durchgeführt. Bei weiterführenden Untersuchungen wie der Bestimmung posttranslationaler Modifikationen kann die MS oft unschätzbare Dienste leisten:

• Struktur- und Sequenzanalyse
• unbekannte Proteine
• post-translationale Modifikationen
• nicht-kovalente Komplexe
• Isoformen

Molekulargewichtsbestimmungen

Das Messproblem muss in der Regel zunächst definiert werden. Daher wird Rücksprache empfohlen. Generell müssen die Proben vollständig entsalzt werden. Geeignete Lösungsmittel sind: Methanol,Wasser, Acetonitril, Ameisen/Essigsäure, ggf. Chloroform, Hexafluoroisopropanol o.ä. 

Identifizierung PAGE-getrennter Proteine

Die Analyse erfolgt durch enzymatischen (meist tryptischen) Verdau des Proteins im Gel, Extraktion und Reinigung der Peptide und MS. Die Molekularmassen und Fragmentionenprofile der Peptide werden dann mit einem in silico -Verdau von Proteinen in Datenbanken (NCBI, SwissProt, spezielle Datenbanken) abgeglichen.

Probenvorbereitung

• frische Coomassie-gefärbte Spots (Neuhoff et al., Electrophoresis 1985, 6, 427-448)
• langes Stehen vermeiden
• Spots sauber ausschneiden (keinen proteinfreien Gelrand belassen)
• Gelspots nicht trocknen
• Keratinkontamination vermeiden (vom Experimentator und vom Tier! An getrennte Bestecke denken!)
• Zymographygele problematisch, auf die Proteinkonzentration achten
• Imidazol vor der PAGE entfernen
• DeStreak-Reagenz wird nicht empfohlen
• die G250/Aluminiumsulfat-Färbung (Kang et al. Bull. Korean Chem. Soc. 2002, 23, 11: 1511) kann problematisch sein
• Reduktion und Alkylierung wird vor 1D-PAGE empfohlen, wenn Proteine verstärkt Disulfidbrücken bilden